O principal objetivo da Secretaria, é realizar ações de promoção, proteção, recuperação e reabilitação da saúde para toda a população através do Sistema Único de Saúde (SUS), seguindo os princípios da universalidade, eqüidade e integralidade no atendimento ao usuário, reconhecendo a saúde como direito fundamental do ser humano, cabendo ao Estado garantir as condições indispensáveis ao seu pleno exercício e o acesso à atenção e assistência, buscando a diminuição das desigualdades. O SUS possui diretrizes operacionais como a descentralização, onde cada gestor responde por toda a rede assistencial na sua área de abrangência; por meio da participação da sociedade nos Conselhos Municipais e nas Conferências de Saúde.